A kedvező földrajzi adottságokkal rendelkező Baranya megye a régészeti leletek tanúsága szerint már a paleolit korban is lakott volt, de a térség teljes benépesedése az újabb kőkorban történt meg. A neolitikum korából számos település nyomai árulkodnak a letelepedett életmódot folytató elődeinkről. A rómaiak megjelenéséig – a megye földrajzi fekvéséből adódóan – sok népcsoport megfordult a vidéken. Éppen ezért a mediterrán kultúrák hatása éppúgy kimutatható itt, mint a nyugat-európai műveltségekkel való kapcsolatok.

Egyes vélemények szerint Pécs római nevében: Sopianae – egy kelta szó él tovább. A római befolyás kora Kr.e. 35-ben kezdődött, de az igazi római típusú civilizáció csak a terület Kr.u. 10-ben történt tartománnyá szervezése után terjedt el. Pannonia provincia elsősorban védelmi feladatokat látott el. A 3. században Sopianae már tartományi központ. Utak, villák, számos régészeti emlék idézik fel e kort.

A 379. évi hadrianopolisi csatát követően megindult népvándorlás zűrzavaros időket hozott Pannóniára. Vidékünkre hun-gót-alán csoportok költöztek. Őket követték a longobárdok, régészeti leleteik Mohács környékén bukkantak elő. Utánuk, a 6-9. század között, az avarok következtek. Az avar uralom megszűnése után a Dunántúlt a frankok grófságokra osztották.

1009-ben Szent István püspökséget létesített Pécsett,1 015-ben pedig megalapította a Pécsváradi Apátságot. A megyei élet első megnyilvánulásai a 14. századi Baranyavár nevéhez fűződnek. A megyei közgyűléseket 1327-tól Nagyfaluban (ma Siklósnagyfalu) tartották. Pécsett alapította 1367-ben Nagy Lajos az ország első, a világ kilencedik egyetemét. A Mohácsi vészig (1526) nagyhatalmú nemesi családok befolyása alatt állt a megye (Garai, Siklósi, Óvári, Herczeg családok).

1526 és 1687 között a törökök uralták a megyét. Ez idő alatt jelenek meg a reformáció első nyomai (Sztárai Mihály), majd a korszak második felében az ellenreformáció osztotta meg a megye lakosságát. A másfél évszázados török uralom és a sorozatos háborúk drasztikusan csökkentették a lakosság számát. A török kiűzése után nagyarányú betelepítések és bevándorlások kezdődtek, melyek tervszerűen 1720-tól folytak. A baranyai németség döntő része is ekkor került ide (Schwäbische Türkei).

Az 1848. március 15-i események hírei Baranya megyébe hajóval érkeztek március 18-án Mohácsra, majd onnan egy komáromi kereskedő útján Pécsre. A mohácsiak népgyűléseket tartottak, leszedték a középületekről az osztrák zászlókat, a kétfejű sassal díszített címereket. Március 19-én megalakult a polgári vármegye. A közgyűlés visszahívta konzervatív követeit és helyükbe reformpártiakat választott. Április 22-én a megye főispánjává Batthyány Kázmért nevezték ki. A beiktatási ünnepségre a megye minden részéből 5 ezer ember érkezett Pécsre. Siklóson Táncsics Mihályt választották követül a népképviseleti országgyűlésbe.

A császári csapatok 1849 elején foglalták el Baranya egy részét, később Eszék is elesett. Említést érdemel még az 1849. június 10-i túronyi összeütközés, ahol a felkelőket szétverték, a falut felégették, lakóinak többségét megölték. A honvédség június 13-án elhagyta Pécset. Július 15-én Mohácsnál volt kisebb összetűzés, amely Baranyában a szabadságharc utolsó eseményét jelentette. A baranyai események fobb szereplői, így Batthyány Kázmér, Majthényi József, Perezel Antal és még sokan mások külföldre menekültek.

Az abszolutizmus időszakára esik a megye életére a mai napig is hatással lévő esemény, a Duna Gőzhajózási Társaság megjelenése 1852-ben. A vállalat fő célja a Pécs környéki szénmezők feltárása és kiaknázása volt.

Baranya politikai élete a kiegyezés után nagyobb viharoktól mentesnek mondható. A megyei közgyűléseken jobbára közjogi kérdésekkel foglalkoztak. Gazdasági téren egyre inkább előtérbe került a bányászat, a gyáripar, fellendült a nagybirtokos gazdálkodás. A pécsi polgárság gazdagodását, s az egész város fejlődését elősegítette a szénbányászat fejlődése és a gyárak építése. Többek között tégla-, sör-, pezsgő-, orgona-, kesztyű- és porcelángyár létesült. Fejlődésnek indult Mohács is, ahol több manufakturális üzem jött létre. A komlói kőszénbányászatot 1892-ben Jánosi Engel Adolf indította útjára. Siklós és vidékét 1873-ban Benyovszky Lajos pozsonyi ügyvéd vásárolta meg.

A 19. század utolsó három évtizedében Pécs lakosainak száma 29 000-ről 54 000-re emelkedett. Az ipari üzemek és a növekvő lakosság szükségleteinek biztosítása érdekében 1892-ben megépítették a városi vízművet. 1913-ban megindult a villamosközlekedés, és ugyanebben az évben kezdte meg működését a Pécsi Dohánygyár is.

A fejlődésének ára azonban a dolgozó rétegek életszínvonalának romlása volt. A gyárosok gazdagodtak ugyan, de a munkásság egészségtelen, rossz munkakörülmények között éhbérért dolgozott. Ez törvényszerűen szervezkedéshez és bérharcokhoz vezetett.

Az I. Világháborút követően Pécs és Baranya megye nagyobb része szerb megszállás alá került (1918-1921). A trianoni békeszerződés a megye területének több mint egyötödét déli szomszédunkhoz csatolta. A húszas évek elején helyezték át Pécsre a pozsonyi egyetemet. A II. Világháború után drámai méretű ki-, be-, és áttelepítések zajlottak Baranyában, ami a nemzetiségi arányok drasztikus megváltozását eredményezte.

Az 1950-es évektől Baranyát – az elsősorban a bányászatra épülő – nagyfokú iparosítás jellemezte (ekkor kezdődött az uránérc kitermelése is). Ennek következménye az erőteljes urbanizáció és a falvak népességének csökkenése. A rendszerváltással együtt járó változások komoly visszaesést okoztak a gazdaságban (bánya- és üzembezárások), amit csak tetézett az elhúzódó délszláv válság.